研究室の沿革は以下に示す表の通りです。

都市計画を主な専門分野として教育・研究（2013年度までは補助業務）に従事し，2014年度より小林祐司・都市計画研究室を構えることとなりました。2015年度より建築・都市計画研究室から分離したため，実質的に2015年度が1年目となります。

また，小林は大分大学認定研究チーム（BURST）の制度を活用して，小林が代表となる「減災・復興デザイン教育研究センター（CERD）」を設立（2017年6月）しました。その後この研究チームは，2018年1月に常設化した同名称の「減災・復興デザイン教育研究センター」（学内共同教育研究施設）として設置されました。