1998.4
大分大学大学院工学研究科建設工学専攻（修士課程）を修了した小林が大分大学助手として採用　
※2014.3まで佐藤誠治研究室所属

2005.8
小林が講師に昇任

2006.8
小林が助教授に昇任（2007年から准教授に職名変更）

2015.4
「小林祐司・都市計画研究室」が発足

2017.4
工学部が理工学部（創生工学科・共創理工学科の2学科）に改組

2018.9
小林が教授に昇任

2021.4
「都市計画・地域減災研究室」に改称

2023.4
・理工学部長に就任（任期2024.3まで）
・理工学部改組（2023.4 ）に伴い，建築学コースから理工学科「地域環境科学プログラム」に異動
（2023.4 理工学部改組）

2024.4
・理工学部長に再任（任期2026.3まで）