指導教員の小林は佐藤誠治大分大学名誉教授に師事し，1998年の助手任用後，2014年にご退職されるまで佐藤誠治建築・都市計画研究室において，教育・研究の補助業務に従事してきました。

佐藤名誉教授ご退職後も，引き続き都市計画・地域計画を主な専門分野として教育・研究に従事し，2014年度より小林祐司・都市計画研究室を構えることとなりました。（※2015年度より建築・都市計画研究室から分離独立したため，実質的に2015年度が1年目となります。）

また，小林は大分大学認定研究チーム（BURST）の制度を活用して，小林が代表となる「減災・復興デザイン教育研究センター（CERD）」を設立（2017年6月）し，その後2018年1月に常設化した同名称の「減災・復興デザイン教育研究センター」（学内共同教育研究施設）の設置に関係しました。